Sehubungan dengan telah dilakukannya merger PT Pelabuhan Indonesia (Persero) pada 1 Oktober s.d 31 Desember 2021, dimana pada akhir tahun PT Pelindo masih terdapat proses transisi pasca merger sehingga proses pelaksanaan penilaian GCG tahun 2021 dilakukan dengan metode Diagnostic Assessment GCG oleh BPKP yang menggunakan standar alat uji surat Keputusan Sekretaris Menteri BUMN Nomor SK-16/S.MBU/2012. Metode Diagnostic Assessment adalah metode assessment yang digunakan untuk mengetahui Area of Improvement (AoI). Pada tahapan ini skor tidak dikeluarkan, hanya mengeluarkan AoI untuk kesiapan assessment di tahun depan.