Ada empat klaster bisnis utama Pelindo, yaitu:

1. Klaster petikemas
2. Klaster non petikemas
3. Klaster logistik & pengembangan daerah pesisir (hinterland)
4. Klaster kelautan, peralatan, dan pelayanan pelabuhan

Pengelompokan klaster bisnis ini dilakukan agar membuat pengembangan bisnis di Pelindo  lebih terfokus, meningkatkan kemampuan dan keahlian SDM yang bekerja di setiap klaster, sehingga mampu bekerja dengan lebih efisien dan membuat kepuasan pelanggan meningkat. Jika ini terjadi maka akan membuka pangsa pasar yang lebih luas dan menaikkan  keuntungan perusahaan.